1、从整体上来讲，膜生物反应器分类有以下几种：

　　膜分离生物反应器：膜分离生物反应器用于污水处理中的固液分离。

　　膜曝气生物反应器：膜曝气生物反应器中膜被用于气体质量传递，通常是为好氧工艺供氧(通常由曝气风机供氧和机械曝气供氧二种)，可以实现生物反应器的无泡曝气，大大提高反应器的传氧效率。

　　萃取膜生物反应器：萃取膜生物反应器主要用于工业中优先污染物的处理，选择性透过膜被用于萃取特定的污染物。

　　2、按照膜组件的放置方式可分为：分体式膜生物反应器和一体式膜生物反应器

　　3、按照膜生物反应器是否需氧：可分为好氧和厌氧膜生物反应器